ASCO2017：一种用于检测癌症中靶向测序数据的indels的新方法

2017-06-07 MedSci MedSci原创

下一代测序（NGS）技术在改变我们对癌症基因组分析的理解及改善癌症治疗方面显示出了长足的进步。已经有许多NGS数据分析工具可用于鉴定不同的基因组改变，包括短插入和缺失（短插入，一般指<25bp）。然而，从短读长（通常<200bp）中检测> 100bp大indel（L-indel）仍然比较困难。在MET和FLT3等基因中鉴定的L-indel 已经证明在癌症治疗中具有重要意义。而且，迫切需要一种算法来

下一代测序（NGS）技术在改变我们对癌症基因组分析的理解及改善癌症治疗方面显示出了长足的进步。已经有许多NGS数据分析工具可用于鉴定不同的基因组改变，包括短插入和缺失（短插入，一般指<25bp）。然而，从短读长（通常<200bp）中检测> 100bp大indel（L-indel）仍然比较困难。在MET和FLT3等基因中鉴定的L-indel 已经证明在癌症治疗中具有重要意义。而且，迫切需要一种算法来验证由ZFN，TALEN和CRISPR / Cas9等基因组修饰系统产生的L-indel。

研究人员通过对目标测序数据中的L-indel进行调用，开发了一种新的算法，具体如下：首先通过选择高质量的原始数据并校正错误碱基来过滤原始数据，然后将许多重叠群（unitig）组装并排列成参照基因组；最后，收集了断点信息，并计算了L-indels。该算法应用于实验室的NA12878细胞系和FFPE样品在Illumina平台上产生的读数。并通过PCR和Sanger测序进行验证。

结果显示，从NA12878测序数据中鉴定了22个新的外显子L-indel（17个缺失和5个插入），其中位数大小为1,616bp（范围：25-6,684bp），并且通过Sanger测序成功证实。此外，还有9个报告的6个L-indels被发现，其余的等待进一步验证。值得注意的是，在肺癌腺癌的FFPE样品上检测到MSH6上的2,446bp 缺失，能够编码错配修复（MMR）系统中的重要组分，否则会引起MMR缺陷。

研究表明本项目开发并验证了一种用于临床癌症中靶向测序数据的NGS大型indels检测准确的新方法。这种方法将大大提高从单一的基于NGS的检测中全面了解基因组变化的能力，并为潜在的临床应用提供更多信息。

原始出处：

Lijuan Chen, Caiping Chen, Dongling Chen. et.al. A novel approach to detect large indels from targeted sequencing data in clinical cancer setting.. ASCO2017

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作者：MedSci

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