Nature：首个人类泛基因组草图公布，更完整的描绘了遗传多样性

自20多年前人类基因草图公布后，人类泛基因组参考联盟（Human Pangenome Reference Consortium）提出了首个人类泛基因组参考草图，这即将成为遗传研究的新参照。由于结构变异和替代等位基因的存在，最初的人类基因草图中没有考虑到这些，因此无法代表人类的遗传多样性，这项新的人类泛基因组参考草图捕获了比之前更多的遗传多样性。

2023年5月10日，Nature 发表了人类泛基因组参考的初稿，这一集合旨在最终代表我们整个物种中尽可能多的DNA序列。该项研究人群遗传物质来自47名祖先不同个体的阵列，为人类基因组提供了更完整的图像。该国际项目于2019年启动，旨在绘制整个人类遗传变异图，为遗传学家能够比较其他序列创建一个全面的参考，进而助力研究基因与疾病之间的潜在联系。

这些组合涵盖了每个基因组中99%以上的预期序列，在结构和碱基对水平上的准确度超过99%。基于这些组合的比对，研究者生成了一个草案，捕捉到了已知的变体和单倍型，并揭示了结构复杂的基因座上的新等位基因。与当下的参考人类基因组（GRCh38）相比，增加了1.19亿碱基对和1115个基因重复（一个DNA区域里含有一个基因重复的变异）。大约有9000万个额外的碱基对来自于结构变异。与GRCh38相比，利用这一草图，检测到结构变异的数量增加了104%，发现错误减少34%，为人类基因组遗传多样性提供了更完整的图景。

新的泛基因组参考是不同基因组的集合

事实上，泛基因组参考序列比传统的参考序列数据更加丰富，包含了多个个体基因组数据，传统的人类基因组序列只有大约20个人的数据，并且其中绝大部分的数据都来自于同一个人。而这一次泛基因组参考序列包含了来自47个人的数据，其中也有来自中国人的代表。未来更是计划在2024年扩展到350个人。此外，不光是样本容量更丰富，数据也得到了进一步整合分析。以往的人类基因组中存在大量重复序列和其他难以读取的区域。

原始出处
Liao WW, Asri M, Ebler J, Doerr D, Haukness M, Hickey G, Lu S.et al. A draft human pangenome reference. Nature. 2023 May;617(7960):312-324. doi: 10.1038/s41586-023-05896-x. Epub 2023 May 10. PMID: 37165242.