Blood：1357例NPM1突变AML的分子学、临床特征、治疗及其对结局的影响

NPM1突变AML

NPM1突变急性髓性白血病(AML) 占成人AML的30%左右，尽管整体预后良好，但仍有许多患者复发和死亡。既往研究确定了与不良预后相关的多个分子学和临床特征（年龄、白细胞计数、继发性AML、非ABD NPM1突变、NPM1突变负荷、共突变、MDS相关基因突变和DNMT3A突变[尤其是在合并FLT3-ITD时]），但目前仅将FLT3-ITD突变和不良核型纳入风险分层，原因在于报道结果不一致以及其他因素影响治疗的不确定性，特别是考虑到诱导后MRD对预后的强烈影响（其预后意义超过基线预后因素）。

由于这些不确定性，NPM1突变AML的临床决策仍然具有挑战性和不一致性，因此学者对来自两个连续前瞻性随机研究(NCRI AML17和AML19研究)的大样本1357例NPM1突变患者进行了DNA测序和分子学MRD监测，以描述基线分子和临床特征、诱导后MRD状态和治疗强度对结局的影响，近日发表于《Blood》。

本文要点

1、在NPM1 AML中，FLT3-ITD、DNMT3A、WT1和非ABD NPM1突变增加MRD阳性和(FLT3-ITD除外)MRD阴性后的复发。

2、2个疗程后血液MRD阴性是预后的主要决定因素，独立于其他因素和CR1期移植。

研究结果

NCRI AML17和AML19研究为连续前瞻性研究，纳入新诊断AML和高危MDS年轻患者给予强烈治疗；患者一般<60岁，但高龄fit患者也可入组，AML17可纳入<16岁儿童。

NPM1 MRD在中央参比实验室通过RT-qPCR进行评估，灵敏度根据样品质量和突变体表达水平而变化，通常在1×10^-5以上。MRD 阳性定义为 PCR 循环40前3次重复中至少2次扩增 NPM1 突变转录物。试验完成后，通过二代测序(NGS)对储存的诊断性骨髓(如果没有骨髓，则为血液)样本进行DNA测序，考虑36个基因的突变；FLT3-ITD和TKD突变状态通过常规检测和NGS分析的综合结果确定。

患者特征

共纳入1357例NPM1突变AML患者(AML17 888例，AML19 469例)，中位年龄53岁(表1)。86%的患者核型正常，39%的患者携带FLT3-ITD。61例(4.5%)既往有血液系统疾病，24例(1.8%)既往有化疗和/或放疗暴露。诱导治疗包括：DA 910例(68%)，ADE 199例(15%)，FLAG-Ida 232例(17%)，CPX-351例(4例)。536例患者(39%)接受GO诱导。93%的患者在2个疗程后达到CR/CRi， 52例患者(4%)在缓解评估前死亡，37例患者(3%)患有难治性疾病。304例(22%)患者在CR1期接受异基因移植。

1098例患者的DNA可用于测序。737例患者存在有效的第2疗程后(PC2，post course 2) PB MRD结果，其中644例也有NGS结果。这644例患者与其余患者特征相似。中位随访时间为5.2年。

NPM1突变AML的基因组图谱

最常见的突变基因为FLT3（57%，其中ITD占40%，TKD占16%，其他突变占9%)、DNMT3A (52%)、PTPN11 (19%)、NRAS (18%)、TET2 (16%)、IDH2 (16%)、IDH1(14%)和WT1(12%)。MDS相关的内聚蛋白复合物(STAG2、RAD21、SMC1、SMC3)和DNA甲基化(DNMT3A、TET2、IDH1、IDH2)基因突变发生于NPM1突变之前，而信号突变(FLT3、KRAS、NRAS、PTPN11)发生于NPM1突变之后。

基因相互作用分析包括在>3%的患者中发生突变的所有基因（包括TP53），揭示出许多重要的基因对(图1A)。FLT3-ITD与DNMT3A (OR 1.53，q=0.005)和WT1 (OR 1.90，q=0.005)共突变；但与NRAS (OR 0.23, q<0.001)、KRAS (OR 0.35，q=0.005)、FLT3-TKD (OR 0.39，q<0.001)、PTPN11 (OR 0.42, q<0.001)呈负相关。IDH1、IDH2与TET2 (IDH1 OR 0.12，q<0.001;IDH2 OR 0.05，q<0.001)， WT1 (IDH1 OR 0.18，q<0.001；IDH2 OR 0.19，q<0.001)和FLT3-ITD (IDH1 OR 0.49, q=0.002；IDH2 OR 0.59，q=0.02) 呈负相关。其他强共突变的基因对包括IDH2和SRSF2 (OR 4.82，q<0.001)、TET2和CEBPA (OR 3.68，q<0.001)及CEBPA和GATA2 (OR 3.50，q=0.045)。

每个NPM1突变序列都与不同的临床和分子特征相关(图1B-D)。老年患者和白细胞计数较高的患者发生A型突变的频率较高。A型突变常与IDH2、DNMT3A、FLT3-ITD共突变，而与WT1、MYC、NRAS突变呈负相关。NPM1 B型和D型更容易发生MYC和WT1突变。

与核型异常患者相比，核型正常的患者MYC和SMC1A的频率更高，TP53突变更少(图1B)。

与OS相关的因素

首先分析了所有患者的生存率（不考虑缓解或MRD），以评估开始治疗时存在的因素对预后的影响。3年OS为66% (图2A)。在单因素分析中，年龄、白细胞计数、既往血液学疾病、FLT3-ITD、DNMT3A和WT1与较差的OS相关，而NPM1 D型、FLAG-Ida和GO与较好的OS相关(图2B)。包括所有突变数据的患者在内的多因素分析显示，年龄、白细胞计数、不良细胞遗传学、非ABD NPM1、FLT3-ITD、DNMT3A和WT1与较差的生存率显著相关，而FLAG-Ida和GO仍与有利的OS相关(图2C)。

第2疗程后（PC2）PB MRD阴性的决定因素

在早期的AML17分析中，具有最大预后分辨力的样本来源和时间点为PB PC2，随后认为临床可操作。使用本研究的更大数据集，确认这个时间点仍为最具分辨力，因此MRD分析集中于PC2 PB状态上。对于诊断性PB MRD值的患者，4.8 log降低可能是阳性/阴性的有价值的替代手段。

在获得缓解并具有PC2 PB MRD结果的737例患者中，594例(81%)为MRD-。PC2 PB MRD与预后密切相关，MRD-患者的3年OS为79%， MRD+患者为40%，累积复发率（CIR）为29% vs 65% (图3A-B)。当纳入OS的多因素模型时，MRD-的风险比为0.31。

然后确定与实现MRD-相关的因素。单因素分析表明，白细胞计数、FLT3-ITD、DNMT3A和WT1与MRD阳性(MRD+)的几率较高，而FLAG-Ida、GO和IDH2的几率较低(图3C)。在多因素分析中，非ABD NPM1、FLT3-ITD、DNMT3A和WT1与MRD+的几率增加显著相关，而FLAG-Ida与较低的MRD+相关(图3D)。将血液学难治性疾病和CR/CRi与MRD+合并为“不良反应”组显示类似的结果，但加入高白细胞技术作为不良风险预测因子，而GO作为良好风险预测因子。

在MRD-患者中，与CR患者相比，仅达到CRi的患者由于缓解期死亡增加而OS更差。

MRD阴性患者中与结局相关的因素

确定是否有任何基线特征可靠地识别出MRD-患者中预后较差的亚组。许多变量增加MRD-患者的CIR，包括白细胞计数、非正常中危核型、非ABD NPM1、DNMT3A、WT1、IDH1和IDH2突变；而NRAS突变和FLAG-Ida与MRD-后的低复发率相关(图4A)。年龄、不良细胞遗传学、B型和非ABD NPM1、DNMT3A突变以及非FLAG-Ida化疗与MRD-患者的总生存期较差相关。除了高危细胞遗传学亚组外，所有MRD-亚组的3年CIR均≤40%（该阈值可用于确定CR1移植中获益的患者）、03年OS均>70%。

值得注意的是，FLT3-ITD对MRD患者的CIR (HR 1.1)或OS (HR 0.99)均无影响。FLT3-ITD和MRD之间对于OS (p=0.011)和CIR (p=0.014)存在显著的相互作用，而与OS相关的任何其他因素中都没有看到这种相互作用（图2B）。所有患者基于FLT3-ITD和MRD的生存率如图4B所示。

根据既往报道，CR1异基因移植对达到PC2 MRD-的NPM1突变AML没有任何获益。将该分析扩展到图4所示MRD-预后较差的患者组，再次表明在任何MRD-亚组中移植都没有获益。但需要注意的是，该分析需要将高危细胞遗传学与非正常中危核型相结合，因为数量少，只有7例MRD-高危细胞遗传学患者；其中3例接受CR1移植且全部存活，而4例未移植患者中只有1例存活。

NPM1突变亚型

除了上述不同的临床和共突变模式外，NPM1突变序列也影响预后，非ABD突变具有较低的MRD-发生率、较差的OS和较高的复发率，而D型突变具有较好的预后趋势(图2C, 3C)。这以结果可以反映在，每个周期后D型突变患者的骨髓MRD较低，而非ABC突变患者的MRD较高。

FLT3-ITD、DNMT3A和WT1共突变

考虑到NPM1、FLT3-ITD和DNMT3A突变之间的良好关联，基于这些突变的联合情况评估结局。255例患者(23%)存在NPM1、FLT3-ITD和DNMT3A突变(“三突变”)。这些患者有更高的白细胞计数和骨髓原始细胞比例，更频繁的正常细胞遗传学和更频繁的A型NPM1插入； FLT3-TKD、PTPN11、NRAS、WT1、IDH2、IDH1和MDS相关突变的频率较低。三突变患者的缓解率相似，但PC2 PB MRD-率较低(64%)、BM MRD清除率较差、MRD-后复发率较高(3年CIR为40%)(图5A-D)，最终导致该组的3年OS为52%(图5B)。

鉴于WT1突变对预后的重要影响(图2C)及其与FLT3-ITD和DNMT3A的关联(图1A)，进一步研究这些突变不同组合的影响。根据3个基因的组合将患者分为4组(图5E)，结局最差的亚组为3个基因中任何≥2个突变的患者(3年OS为51%，MRD-为64%，MRD-后3年CIR为39%)。有趣的是，单纯WT1突变患者的结局最佳。此外，如果达到MRD-，≥2个基因突变的患者也并没有从CR1移植中获益。

MDS相关基因突变

携带MDS相关基因突变的患者年龄较大(中位年龄55 vs 52)、白血病和血小板计数较低且共突变模式不同（FLT3-ITD、DNMT3A和PTPN11突变较少，IDH2和TET2突变更多)。虽然MDS相关突变患者的难治性疾病发生率较高(6.8% vs 2.6%，p=0.04)，但被达到缓解的患者更高的MRD- (87% vs 79%，p=0.12)所抵消；累积复发率没有增加（包括在MRD-亚组中），3年OS没有受到MRD相关突变的影响(67% vs 65%，p=0.7，图6A, B)。上述多因素分析证实MDS相关突变并无有害影响。

将分析仅限于ELN2022低危患者，再次显示MDS相关突变对OS或复发没有影响(图6C, D)。≥2个MDS相关基因突变的患者有较差OS的趋势，但患者很少，关联并不显著。

治疗强度的影响

与所有其他方案相比，FLAG-Ida与MRD-增加(87% vs 79%，p=0.009)、总体复发率降低(21% vs 40%，p<0.001)和MRD-后复发率降低(16% vs 34%，p<0.001)及总体患者(79% vs 63%，p<0.001)和MRD-患者(88% vs 76%，p=0.003)的3年OS改善相关(图7A-C)。每个周期后，FLAG-Ida组骨髓NPM1 MRD水平较低(图7D)。所有亚组均受益于FLAG-Ida治疗，其中具有高危特征的患者获益最大，如高白细胞计数 (HR=0.24)和FLT3-ITD (HR=0.44)，包括FLT3-ITD和DNMT3A共突变(HR=0.43)。

GO的生存获益(图2C)在主要亚组中一致，没有明显的异质性。接受GO治疗的患者更有可能在2个疗程后出现MRD- (84% vs 77%)，并且每个疗程后BM MRD拷贝数更低。

总结

该大样本NPM1突变AML研究发现，第二周期诱导后PB分子学MRD-仍是最强大的独立预后因素。FLT3-ITD (HR=1.28)、DNMT3A (HR=1.65)、WT1 (HR=1.74)和非ABD NPM1突变(HR=1.64)与较差的OS独立相关，也与MRD阳性密切相关；对于实现MRD阴性的患者，这些突变(FLT3-ITD除外)与累积复发率增加和较差的OS相关。然而在MRD阴性患者中，除了少数高危细胞遗传学患者外，无法确定任何一组累积复发率>40%或可获益于CR1移植。在所有亚组中，使用FLAG-Ida方案强化疗均与改善预后相关，高危分子学亚组获益更大。

参考文献

Othman J, et al. Molecular, clinical and therapeutic determinants of outcome in NPM1 mutated AML.Blood . 2024 May 1:blood.2024024310. doi: 10.1182/blood.2024024310.