由于在实验室条件下培养微生物的挑战,至今为止,人类肠道微生物组中许多物种的基因组序列仍然未知。
为了解决这个问题,研究人员从来自地理和表型多样化的人类受试者的3,810个粪便宏基因组中重建了60,664个原核生物基因组。这些基因组为2,058个以前未知的物种级操作分类单位(OTU)提供参考点,使得测序肠道细菌的系统发育多样性增加50%。
平均而言,新的OTU占每个人丰富度的33%和物种丰度的28%,并且富含来自农村人口的人类。
临床肠道微生物组研究的荟萃分析确定了新OTU的多种疾病关联,这些联系有可能改善预测模型。
最后,研究人员的分析显示,未培养的肠道物种经历了基因组减少而丧失了某些生物合成途径,这可能为将来改善种植策略提供线索。
原始出处:
Nayfach S et al. Novel insights from uncultivated genomes of the global human gut microbiome. NATURE, 2019; doi: 10.1038/s41586-019-1058-x.
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作者:海北
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