PLoS One. 非洲尼罗河草鼠（Arvicanthis ansorgei）视网膜转录组的从头组装和注释
2017-08-02 cuiguizhong MedSci原创
美国威尔默眼科研究所和约翰霍普金斯大学医学院的Zack DJ教授团队近日在PLoS One.杂志上发表了一项有趣的工作，他们对A. ansorgei整个视网膜进行了RNA测序，提供了一个公开的高质量的注释转录组。
美国威尔默眼科研究所和约翰霍普金斯大学医学院的Zack DJ教授团队近日在PLoS One.杂志上发表了一项有趣的工作，他们对A. ansorgei整个视网膜进行了RNA测序，提供了一个公开的高质量的注释转录组。
锥体光感受器对于色觉和高敏锐的视力是非常重要的。它们会受各种视网膜病变的影响而死亡，导致不可逆的视力丧失，降低的生活质量。对锥体细胞的生存和改善其健康状态，迄今为止，还没有任何经过机构认可的疗法。发展锥体的新型治疗方法一直是具有挑战性的，部分原因是受限于研究模型，常使用啮齿动物作为研究的模式生物来研究锥体，而多数啮齿动物为夜行动物。
非洲尼罗河草鼠（Arvicanthis ansorgei）是一种昼出动物，其光感受器群体超过锥体的30％，因此，可以作为研究锥体的发育、生物学特征和退化的模式生物。然而，使用A. ansorgei视网膜进行分子机制研究的一个重大限制是A. ansorgei没有测序的基因组和转录组。这项工作，他们展示了第一个从头组装和功能注释的A. ansorgei转录组。
他们对A. ansorgei整个视网膜进行了RNA测序，测序深度达到了3.21亿对读长，并组装了400，584个三位一体的转录本。转录组整体分析和注释表明，他们的数据集对于大多数视网膜转录本几乎可以覆盖全长。他们的高质量注释转录组是公开的，这将促进更广泛地使用A. ansorgei作为锥体生物学和视网膜病变分子机制研究的模型生物。
原文出处：
Liu， M.M.， et al. De novo assembly and annotation of the retinal transcriptome for the Nile grass rat (Arvicanthis ansorgei). PLoS One， 2017. 12(7)： p. e0179061.
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