Physics Med Biol：苏州医工所在肿瘤影像基因组学研究中取得进展
2018-04-29 佚名 苏州生物医学工程技术研究所
近年来，我国肿瘤发病率明显上升，恶性肿瘤位于我国城市居民主要疾病死亡率首位。肿瘤防治工作具有重大社会意义与科学价值，肿瘤疗效与预后评估是其中的关键研究领域。肿瘤标记物是肿瘤发生发展以及疗效好坏的重要指标，在肿瘤疗效与预后评估中起着至关重要的作用，如何找出有效的肿瘤标记物是当前研究的重要挑战。
近年来，我国肿瘤发病率明显上升，恶性肿瘤位于我国城市居民主要疾病死亡率首位。肿瘤防治工作具有重大社会意义与科学价值，肿瘤疗效与预后评估是其中的关键研究领域。肿瘤标记物是肿瘤发生发展以及疗效好坏的重要指标，在肿瘤疗效与预后评估中起着至关重要的作用，如何找出有效的肿瘤标记物是当前研究的重要挑战。
随着分子技术的发展，特别是下一代基因测序技术的发展，通过基因或蛋白质分子技术，从癌症的分子机制去探索其发生的根源，寻找致癌基因的突变位点和癌症基因的分子表达通路，获取分子标记物，已成为当前肿瘤标记物研究的主流。其突出特点是生物分子层次的解释性强，但获取上述分子标记物的费用及技术门槛高，需借助手术或穿刺活检侵入性采样，只能单点单次采集，无法全面描述肿瘤组织的时间与空间异质性。
随着医学影像技术的快速发展，通过医学影像可无创、实时、可重复地获取肿瘤全局形态与分子功能信息，借助模式识别、机器学习等图像分析手段，构建与预后或疗效显着相关的肿瘤影像标记物。通过影像标记物，可对肿瘤进行早期诊断，并能在治疗过程中随时跟踪肿瘤的发展情况。但影像标记物可解释性不强，尤其是缺乏潜在的生物和分子机制的解释。
开展肿瘤影像基因组学研究，结合影像学和基因组学各自优势，探索影像标记物与分子标记物的关联，可将分子层次信息（如基因表达量、致癌基因的表达通路等）融入影像学方法，有潜力发现无侵入且生物学可解释性强的预后影像学标记物，从而促进影像学标记物在个体化医疗的应用与发展，在肿瘤疗效与预后评估、新治疗靶点和肿瘤生物机制理解方面，均具有积极意义。
中国科学院苏州生物医学工程技术研究所医学影像室高欣、夏威、陈颖、张睿等人以肝细胞癌为实验对象，开展了影像基因组学的初步研究。该研究获取了癌症基因图谱数据库（The Cancer Genome Atlas，TCGA）上 371 例肝细胞癌患者基因表达数据与总生存期，及其中 38 例患者的增强 CT 数据。针对 CT 数据，采用基于体素的子区域聚类方法，将肿瘤区域划分为 3 个子区域。从各子区域中，提取了影像组学特征，并采用稳定性和冗余性分析方法筛选影像特征。针对基因表达数据，采用权重基因共表达网络分析（WGCNA），获取多个基因模块，并分析总生存期数据，得到具有生存期预测能力的预后基因模块。为了理解预后基因模块的生物学功能解释，对基因模块注释分析。通过构建影像特征与预后基因模块的 Spearman 秩相关矩阵，找出了与基因模块显着相关的影像特征。最后利用 Cox 比例风险回归模型，评估了这些影像特征的总生存期预测能力。
研究结果表明，8 个影像组学特征与基因模块显着相关，最终确定其中 2 个影像组学特征有潜力作为肝细胞癌生存期预测的影像学标记物。其中，子区域体积分数 (volume fraction_2)，与代表癌症相关通路的 6 个基因模块均显着相关，且该影像特征与肝细胞癌患者的总生存期（P =0.022，风险比 =0.24）显着相关；描述肿瘤子区域异质性的纹理特征集群突出 (cluster prominence_3)，与代表脂肪代谢和补体活动的基因模块显着相关，且也与总生存期（P=0.021，风险比 =0.17）显着相关。
原始出处：
Wei Xia， Ying Chen， Rui Zhang， et al. Radiogenomics of Hepatocellular Carcinoma： Multiregion Analysis-Based Identification of Prognostic Imaging Biomarkers by Integrating Gene Data——A Preliminary Study， Physics in Medicine and Biology， 2018， 63(3).
作者：佚名
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