Bioinformatics:人类流感感染生物学机制研究新进展

2017-03-26 MedSci MedSci原创

流感基因组回归分析

近期，在Bioinformatics杂志的一篇文章中提出了一项新的，关于检测人流感感染生物学机制研究的进展。基因集富集分析(GSEAs)被广泛用于基因组的研究，以找出潜在的生物学机制。例如：基因本体论或分子机制。在目前可用的方法中，有以下两点说明：1、通常用于组间比较的回归分析，并不能有效地利用转录组测量的时间序列相关的时间信息；2、在多分子途径中的基因重叠，在假设检验中被多次测量。该作者提出了一

近期，在Bioinformatics杂志的一篇文章中提出了一项新的，关于检测人流感感染生物学机制研究的进展。

基因集富集分析(GSEAs)被广泛用于基因组的研究，以找出潜在的生物学机制。例如：基因本体论或分子机制。

在目前可用的方法中，有以下两点说明：1、通常用于组间比较的回归分析，并不能有效地利用转录组测量的时间序列相关的时间信息；2、在多分子途径中的基因重叠，在假设检验中被多次测量。

该作者提出了一个基于函数型数据分析的GSEA推论框架，使其可以利用基于函数型主成分分析的时间信息，并能通过弹性网络回归的功能扩展对重叠基因的影响进行松解。

其次，基因组的假设检验是Mann-Whitney U检验的延伸，他是基于相关观测值计算得出的加权秩和。

研究者通过模拟数据库，及大规模的人类流感感染后的时间进程基因表达数据库的分析，证明了其采用的方法，能得出更好的受试者工作特征曲线。并且，与其他的方法相比，该研究方法能够识别更多的人类流感感染的免疫反应相关通路。

原始出处：

Zhang Y，Topham DJ，Thakar J，et al.FUNNEL-GSEA： FUNctioNal ELastic-net regression in time-course gene set enrichment analysis.Bioinformatics. 2017 Feb 21. doi： 10.1093/bioinformatics/btx104.

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#插入话题
  1. 2017-08-16 俅侠

    #生物学机制#

    0

  2. 2018-01-15 sunylz

    #Bio#

    0

  3. 2018-02-13 zhouqu_8

    #机制研究#

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  4. 2017-07-07 Julie W

    该作者提出了一个基于函数型数据分析的GSEA推论框架，使其可以利用基于函数型主成分分析的时间信息，并能通过弹性网络回归的功能扩展对重叠基因的影响进行松解。

    0

  5. 2017-03-28 仁者大医

    #生物学#

    0

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