JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS：FusionPlex RNA测序的临床验证及其在血液肿瘤诊断和分类中的实用性

血液肿瘤的诊断标准正在演变，除了形态学和表型特征外，人们越来越强调纳入基因组畸变。骨髓样和淋巴样肿瘤中，比例的复发染色体易位产生融合基因，这些融合基因编码嵌合蛋白或在不同启动子下形成基因并列，导致疾病发病机制，许多被认为是疾病定义畸变。第五版世界卫生组织分类和国际共识分类2022都消除了诊断急性骨髓性白血病（AML）的20%的爆炸计数截止值，并定义了遗传异常，例如（8;21）（q22;q22.1）；RUNX1::RUNXT1，inv（16）（p13.1q22）或t（16；16）（p13.1;q22）；CBFB::MYH11，t（15;17）（q24.1;q21.2）；和PML：：RARA。

然而，2022年国际共识分类要求≥10%用于诊断AML。特定疾病实体，包括具有复发性遗传异常的AML、具有复发性遗传异常的B-淋巴细胞白血病/淋巴瘤（B-LL）、嗜酸性粒细胞增多症的髓细胞/淋巴样肿瘤（M/LN-Eo）和酪氨酸激酶基因融合，根据特定基因重排进行分类。因此，识别基因重排对于诊断和预测髓细胞和淋巴样肿瘤以及提供靶向治疗选择至关重要。

传统上，染色体分析、荧光原位杂交（FISH）和逆转录酶PCR用于检测基因融合，每种融合在常规临床应用中都有局限性。染色体分析通常可以揭示易位，但无法准确识别参与重排的基因，并可能错过神秘的重排。FISH通常受到应用多套探针的需求、增加成本和周转时间的限制，这可能会显著影响及时的临床决策。

此外，FISH无法确定所有可能的聚变伙伴和精确的断点。逆转录酶PCR只能检测到具有特定断点的已知基因融合，导致与涉及不同断点的众多合作伙伴的基因融合覆盖不足，并导致假阴性结果。最近锚定多路复用PCR/靶向RNA下一代测序（RNA-seq）的技术进步允许对几种转录物进行大规模并行测序。该技术已用于检测治疗和预后显著的融合，并表征急性白血病和髓样肿瘤、肺腺癌、肾细胞癌、间变大细胞淋巴瘤、和各种肉瘤。

2023年10月7日发表在JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS的文章，研究人员通过锚定多路复用PCR/RNA-seq验证了FusionPlex泛谟面板，用于常规临床测试，并评估了其在骨髓和淋巴样肿瘤诊断和分类中的效用。本文还比较了FusionPlex和基于amplicon的下一代测序（NGS）检测到的基因突变。

本文摘要图

在这项研究中，研究人员使用锚定多路复用PCR/靶向RNA下一代测序验证了FusionPlex泛氟面板分析，用于常规临床测试。此外，研究人员评估了其在检测骨髓和淋巴肿瘤中基因融合方面的效用。61例的验证队列表明，FusionPlex泛氦面板与其他方法之间具有良好的一致性，包括染色体分析、荧光原位杂交、逆转录酶PCR和桑格测序，分析灵敏度和特异性分别为95%和100%。

在嗜酸性粒细胞（M/LN-Eo）（所有融合；A）的骨髓/淋巴细胞肿瘤中发现的已知基因融合（>85）的圆圈图，涉及PDGFRA（红色；B）、PDGFRB（蓝色；C）、FGFR1（绿色；D）和JAK2、FLT3和ETV6（分别为橙色、紫色和棕色；E）

在由28名接受FusionPlex测试的患者的独立队列中，在21名患者中检测到基因融合。FusionPlex泛血红素面板分析可靠地检测了融合伙伴和患者特异性融合序列，允许准确分类血液肿瘤并发现新的融合伙伴，有助于更好地了解疾病的发病机制。

综上所述，本文已经证明了FusionPlex泛Heme面板在诊断和分类血液肿瘤以及指导选择适当疗法方面的实用性。与染色体分析和FISH相比，FusionPlex在同时评估多个目标基因和检测融合伙伴及其精确的断点方面具有优势。这种方法已被纳入机构Pathway临床测试算法，并定期在新诊断的B-LL患者中进行测试，以评估Ph样表型，并结合核型和FISH对嗜酸性粒细胞增多症患者的检查。

FusionPlex的结果具有重要的治疗意义。我们使用FusionPlex RNA测序技术发现了一种新的融合，RUFY1::PDGFRB，患者对伊马替尼反应优异。如果对有针对性治疗的实体有很高的临床怀疑，并且常规方法没有检测到定义异常（例如，M/LN-Eo），则应考虑使用FusionPlex来识别神秘或非常规畸变。

原文出处

Chen X, Wang W, Yeh J, Wu Y, Oehler VG, Naresh KN, Liu YJ. Clinical validation of FusionPlex RNA-sequencing and its utility in the diagnosis and classification of hematologic neoplasms. J Mol Diagn. 2023 Oct 7:S1525-1578(23)00223-4. doi: 10.1016/j.jmoldx.2023.09.007. Epub ahead of print.