circNet:人类环状RNA数据库(cirRNA)介绍及使用说明
2020-08-15 MedSci MedSci
circNet是一个环状RNA的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络,网址如下:https:
circNet是一个环状RNA的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络,网址如下:https://syslab5.nchu.edu.tw/CircNet/
数据库构建的流程如下所示
从SRA数据库中收集了来自26个不同组织,共464个样本的RNA_seq数据,利用find_circ软件预测其中的环状RNA,共预测到212950个环状RNA,和circBase数据库相比,其中有53687个是新的环状RNA。为了降低假阳性,选取junction reads大于3的环状RNA作为高可信度的环状RNA,最终得到34000个环状RNA。
软件预测环状RNA只会给出连接点在基因组上的位置,意味着我们只能确定环状RNA的头尾,无法直接确定中间的序列信息,为此,该数据库根据下图所示策略去注释环状RNA的序列信息
图A表示对于头尾都对应exon的环状RNA,在注释序列时,将所有eoxn的组合情况都列出,作为circRNA的多个isoform;图B表示对于剪切位点在内含子上的环状RNA,注释其序列时将exon两侧的intron序列也包含进去;图C表示环状RNA头尾位于已知基因的反义链时,直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状RNA的序列;图D表示对于头尾在基因间区的环状RNA,和图C同样的做法,直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状RNA的序列。
根据环状RNA的序列,通过targetScan软件预测与miRNA的相互作用,然后再结合miRTarBase和miRBase数据库中的miRNA与基因的调控关系,构建了circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络。
在官网首页可以以基因为单位检索对应的ceRNA调控网络,以ZEB1
为例,示意如下
图例如下所示
紫色节点代表环状RNA,黄色节点代表miRNA,蓝色节点代表gene;红色连线用于连接miRNA和靶标基因,绿色连线用于连接gene和环状RNA, 蓝色连线用于连接circRNA和miRNA。
在右侧面板会显示在不同组织中的表达量,环状RNA与miRNA的相互作用网络等信息,更多细节请参考官网的使用手册。
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