CLIP-seq—动物miRNA靶基因筛选新方法
2014-01-10 MedSci MedSci原创
CLIP-seq，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外 照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA
CLIP-seq，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and
high-throughput
sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外
照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行
高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。
CLIP-seq技术由于可以高通量的研究蛋白在体内与RNA的结合情况，极大的促进了蛋白质-RNA相互作用的研究。最近，这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。
在动物体内，成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC)，结合于靶mRNA的3ˊ-UTR区，阻止所结合的mRNA 的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理，我们可以通过CLIP-seq技术来进行miRNA靶基因的筛选。
CLIP-Seq方法的应用能够非常明显地降低miRNA结合位点的假阳性预测频率并且减小miRNA结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定AGO2蛋白在不同RNA上的结合位点。
锐博生物拥有最新的高通量测序平台、生物芯片制备及检测平台以及寡核苷酸生产平台，可以为大家提供CLIP-seq，miRNA测序，RNA测序，miRNA芯片，mRNA芯片等一系列服务。
图1 CLIP-seq原理
作者：MedSci
版权声明：
本网站所有注明“来源：梅斯医学”或“来源：MedSci原创”的文字、图片和音视频资料，版权均属于梅斯医学所有。非经授权，任何媒体、网站或个人不得转载，授权转载时须注明“来源：梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章，本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的，转载内容不代表本站立场。不希望被转载的媒体或个人可与我们联系，我们将立即进行删除处理。
在此留言
建议添加表观遗传学的视频，谢谢
111
#新方法#
39
#miR#
43
#miRNA#
41
#靶基因#
45