Nat Commun:1868个临床病例调查,32个样本的全基因组分析,四川大学在胃癌领域取得新进展

2018-07-02 胖胖同学 iNature

2018年6月30号,四川大学胡建昆课题组与许恒课题组、彭勇课题组等人合作在Nature Communications上在线发表了题为“Prognostic significance of frequent CLDN18-ARHGAP26/6 fusion in gastric signet-ring cell cancer”的研究论文。本文报道了对1868例中国胃癌患者进行的系统调查,发现印戒细

2018年6月30号,四川大学胡建昆课题组与许恒课题组、彭勇课题组等人合作在Nature Communications上在线发表了题为“Prognostic significance of frequent CLDN18-ARHGAP26/6 fusion in gastric signet-ring cell cancer”的研究论文。本文报道了对1868例中国胃癌患者进行的系统调查,发现印戒细胞含量与多种临床特征和治疗结果有关。这项研究提供了对SRCC的临床和基因组特征的深入了解,并强调了频繁的CLDN18-ARHGAP 26/6融合在SRCC化疗反应中的重要性。

胃癌是世界上最常见的癌症之一,也是导致癌症死亡的主要原因之一,尤其是在中国。根据Lauren的分类,被分成多种亚型类,如肠型和弥漫型,弥漫性型治疗效果明显差于肠型。为了从分子水平上研究胃癌发生和异质性的分子机制,研究人员通过高通量的基因组筛查和多种驱动基因的改变,对胃癌的综合基因组特征进行了研究。这些改变的基因通常在其他癌症(如TP 53、PIK3CA、Cdh 1、Smad 4)中被发现,或者在胃癌(如RHOA)中相对特异。作为肿瘤基因组图谱(TCGA)项目的一部分,对胃癌患者群中EBV、MSI、GS和CIN四种亚型(EBV、MSI、GS和CIN)分别进行了系统分析,其中包括EB病毒感染亚型(EBV)、微卫星不稳定性(MSI)、基因组稳定性(GS)和染色体不稳定性(CIN)。发现EBV亚型PIK3CA突变率高(80%),CIN亚型PIK3CA突变率低(3%),GS 3亚型中以ARID1A、RHOA和Cdh 1突变为主,这在弥漫型胃癌中已得到证实。


胃癌HSRCC关键基因改变的图谱

此外,还观察到CLDN 18和ARHGAP(即ARHGAP 26或ARHGAP 6)之间的结构重排,这种结构重排也是扩散型的,并且与RHOA突变相互排斥。尽管胃癌在流行程度和治疗结果上存在显着的种族差异,但在TCGA研究中,基于种族血统的频繁突变基因没有发现显着性差异。此外,由于缺乏长期跟踪tcga胃癌队列的信息,没有对基因改变与临床特征的关联进行系统调查。


HSRCC的体细胞拷贝数变异和结构变异

印戒细胞癌(SRCC)在胃癌中具有独特的流行病学和致癌特性,但对预后的基因组特征还没有进行系统的研究。本文报道了对1868例中国胃癌患者进行的系统调查,发现印戒细胞含量与多种临床特征和治疗结果有关。因此,研究人员对32对SRC样本进行了全基因组测序,并确定了CLDN 18-ARHGAP 26/6融合频率(25%)。另外797例患者证实,CLDN 18-ARHGAP 26/6融合率与印戒细胞含量、诊断年龄、男女比例和TNM分期有关。重要的是,CLDN 18-ARHGAP 26/6融合患者的生存率较低,且以奥沙利铂/氟匹嘧啶为基础的化疗无效,这与CLDN 18-ARHGAP 26细胞株化疗耐药的事实相一致。总之,这项研究提供了对SRCC的临床和基因组特征的深入了解,并强调了频繁的CLDN18-ARHGAP 26/6融合在SRCC化疗反应中的重要性。

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作者:胖胖同学



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