Clin Cancer Res. :科学家研发出ALK基因检测新法

由复旦大学附属肿瘤医院教授陈海泉领衔的科研团队，近日成功研发出一种具有我国自主知识产权、90分钟内便可完成肺癌患者ALK基因检测的新方法，并且阳性检出率高达100%。

据介绍，ALK融合基因是非小细胞肺癌患者接受靶向治疗中的重要依据。目前，对具有ALK融合基因的非小细胞肺癌患者实施靶向治疗，与传统化疗相比较，其治疗有效率和生存率均实现翻一番，有效率超过50%，患者生存期可达18个月。

那么，怎样才能为肺癌患者在第一时间完成ALK融合基因检测的精确结果，使其尽早接受靶向治疗呢？

“目前，世界上主要有三种诊断方法。其中一种是FISH检查，被誉为诊断的‘金标准’，但7至14天的检测时间和高昂的价格是其最为明显的短板。”陈海泉介绍说，FISH检查是将病理组织取下做成蜡片，通过烦琐的技术手段，得出诊断结果。

而运用新近研发出来的基于qPCR的ALK融合基因检测手段，90分钟内便能得出检测结果，且该方法只须提取组织中的遗传物质，通过相应的检测手段，发现是否存在ALK融合基因异常表达的信号，进而快速、便捷、精确地将其捕获。

同时，在先期的实验中，通过一项针对654例非小细胞肺癌标本进行的综合检测，共发现40例基因阳性标本，经“金标准”FISH验证后，阳性检出率达到100%。较现在临床使用的另外两种诊断方法，该方法具有更好的特异性和敏感性。

陈海泉表示，此项技术操作简便，易于在有条件的各级医疗单位广泛推广。以后，住院患者将有可能在术后第一时间内获知自己是否存在ALK融合基因，从而为患者后续的靶向治疗缩短等候时间，并节省下昂贵的FISH诊疗费。“预计其诊疗费将不到美国FISH诊断每例1500美元的十分之一。”

同时，门诊非小细胞肺癌患者也有望只须通过活体穿刺，便能在1到2天内获知ALK融合基因情况，也有助于临床医师制定下一步的诊断和治疗方案。

据悉，相关研究成果已申请国家发明专利，并发表在国际学术期刊《临床肿瘤研究》上。杂志还将该项研究誉为“突破性进展”，并专门刊文进行了报道。美国胸科医师学院也将在2012年年会上授予此项研究“阿尔弗雷德索弗”奖。（生物谷Bioon.com）

doi: 10.1158/1078-0432.CCR-12-0677

PMC:
PMID:

The Use of Quantitative Real-Time Reverse Transcriptase PCR for 5' and 3' Portions of ALK Transcripts to Detect ALK Rearrangements in Lung Cancers

Wang R, Pan Y, Li C, Hu H, Zhang Y, Li H, Luo X, Zhang J, Fang Z, Li Y, Shen L, Ji H, Garfield D, Sun Y, Chen H.

PURPOSE: Approximately 3% to 7% of non-small cell lung cancers (NSCLC) harbor an ALK fusion gene, thus defining a tumor group that may be responsive to targeted therapy. The breakpoint in ALK consistently occurs at exon 20 and EML4 or other fusion partners, thus driving a strong expression of ALK kinase domain and resulting in an unbalanced expression in 5' and 3' portions of ALK transcripts. We have developed a rapid and accurate method by simultaneously detecting the expression in 5' and 3' portions of ALK mRNA.

EXPERIMENTAL DESIGN: Quantitative real-time reverse transcriptase PCR (qRT-PCR) was used to examine expression levels of the 5' and 3' portions of ALK transcripts in177 NSCLCs, in which EGFR, KRAS, HER2, and BRAF mutations were absent. If unbalanced ALK mRNA expression was seen, ALK rearrangement was assumed to exist. ALK FISH was used to confirm the accuracy of qRT-PCR. RT-PCR and 5' RACE coupling sequencing identified the fusion variants.

RESULTS: Real-time RT-PCR showed excellent sensitivity and specificity (100% and 100%, respectively) for detection of ALK rearrangements in resected specimens. In addition, six novel ALK fusion variants were identified, including one KIF5B-ALK (E17;A20) and five EML4-ALK variants (E6a;A19, E6a/b ins 18;A20, E17b ins 39;A20, E10a/b, E13;A20, and E17 ins 65;A20).

(责任编辑：yan.mao)