加权基因共表达网络分析揭示了与肺动脉高压相关的枢纽基因

2023-02-09 刘少飞 MedSci原创

研究了枢纽基因和免疫细胞浸润之间的相关性。最后,构建了一个大鼠HPH模型,并利用Western blotting分析验证了生物信息学分析的准确性。

研究背景

肺动脉高压(PH)是一种心肺血管疾病,急性危害人类健康,并可能是致命的。它进展迅速,死亡率高。它的病理生理学很复杂,仍未完全阐明;因此,实现治疗上的突破很困难。

研究方法及结果

在这项研究中,从基因表达总库(GEO)的GSE24988、GSE113439和GSE117261数据集中提取了58名正常对照组和135名PH患者的数据,并筛选出差异表达的基因(DEGs)。此外,还进行了基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)的途径富集分析。加权基因共表达网络分析(WGCNA)被用来识别与PH相关的关键模块和枢纽基因。确定了八个与PH相关的枢纽基因。此外,还进行了免疫细胞浸润和枢纽基因之间的相关性分析,接受者操作特征(ROC)曲线显示,TARDBP具有最佳的诊断功效。

另外,我们还建立了大鼠缺氧性肺动脉高压(HPH)模型,并利用Western blotting检测验证了枢纽基因在HPH大鼠肺部和肺动脉的表达。我们的结果显示,mTOR、PSMD2、RBM8A、SMARCA4、TARDBP和UBXN7在肺部高度表达。此外,与对照组相比,EFTUD2、mTOR、RBM8A、SMARCA4、TARDBP和UBXN7在HPH大鼠的肺动脉中明显上调,而DDB1则明显下调。

研究结论:

总之,我们通过对GEO数据库的数据进行WGCNA,确定了具有诊断和预测价值的PH中心基因。此外,我们提供了关于PH的新见解,可能被用来评估潜在的生物标志物基因和治疗目标。

 

参考文献:

Wang S, Sun D, Liu C, Guo Y, Ma J, Ge RL, Cui S. Weighted gene co-expression network analysis reveals the hub genes associated with pulmonary hypertension. Exp Biol Med (Maywood). 2023 Feb 5:15353702221147557. doi: 10.1177/15353702221147557. Epub ahead of print. PMID: 36740764.

作者:刘少飞



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