Ann Transl Med：分析与肿瘤免疫微环境相关的 m6A 相关特征并预测急性髓性白血病的存活率

2022-09-18 将军的九分裤 MedSci原创

背景：

以前的大多数研究都集中在肿瘤的内在致癌途径上。然而，关于 N6-甲基腺苷 (m6A) 甲基化在肿瘤免疫微环境 (TIME) 中的潜在作用知之甚少。为了更好地诊断和治疗急性髓性白血病 (AML)，一研究团队试图检查 AML 病例中 m6A 调节因子与免疫浸润之间的相关性。同时，构建了一个预后模型来预测AML的存活率。

研究团队从癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库中提取数据，包括核糖核酸测序 (RNA-seq) 转录组数据和 AML 患者相应临床特征的数据。确定了两种具有不同临床结果的 m6A 修饰模式，并发现它们之间存在显着关系。同时发现与肿瘤免疫微环境相关的不同 m6A 簇 [免疫细胞类型和使用表达数据 (ESTIMATE) 算法估计恶性肿瘤组织中的 STromal 和免疫细胞] 密切相关。接下来，他们进行了 Lasso（最小绝对收缩和选择算子）Cox 回归，以在 2-m6A 调节器 TCGA 数据集中构建预测模型，以进一步探索 AML 中的 m6A 预后特征，并进行相关性验证。

图1：AML患者与正常个体之间差异表达基因的5个M6A相关标志物。(A) 单因素 Cox 回归分析。(B) AML 中相关差异表达基因的表达。(C) AML 中相关基因的热图。AML，急性髓性白血病。

图2：AML患者的共识聚类分析。(A) 共识 CDF 图。此图说明了每个 k（按颜色分层）的共识矩阵的 CDF 图。(B) 三角洲区域图。该图显示了从 k-1 变为 k 后聚类共识的相对增加。AML，急性髓性白血病；CDF，累积分布函数；PAC，模糊聚类的比例。

图3：基于 m6A 的预后模型在按 AML 亚组分层的患者中的预后价值。(A) 训练集的 LASSO 回归分析。(B) 惩罚项的交叉验证图。(C) AML 患者训练集的 KM 曲线。(D) AML 患者验证集的 KM 曲线。(E) 时间依赖性 ROC 曲线显示了基于 m6A 的预后模型在 AML 患者训练集中的预测效率。(F) 时间依赖性 ROC 曲线显示基于 m6A 的预后模型在 AML 患者验证集中的预测功效。AML，急性髓性白血病；LASSO，最小绝对收缩和选择算子；公里，卡普兰-迈尔；ROC，接收器操作特性；AUC，曲线下面积

图4：AML患者临床参数及OS预后分析。(A) AML 患者训练集的单变量回归分析。(B) AML 患者训练集的多元回归分析。(C) AML 患者验证集的单变量回归分析。(D) AML 患者验证集的多元回归分析。(E) KM 曲线显示年龄≤65 岁高危或低危 AML 患者的 OS。(F) KM 曲线显示 65 岁以上高危或低危 AML 患者的 OS。(G) KM 显示高危或低危男性 AML 患者的 OS。(H) KM 曲线显示高危或低危女性 AML 患者的 OS。AML，急性髓性白血病；OS，总生存期

图5：风险评分与 AML 中免疫细胞浸润的关联。(A) 风险评分与静息 CD4 记忆细胞之间的相关性。(B) 风险评分与 CD8 T 细胞之间的相关性。(C) 风险评分与 M2 巨噬细胞之间的相关性。(D) 风险评分与 B 细胞记忆之间的相关性。(E) 风险评分与嗜酸性粒细胞之间的相关性。AML，急性髓性白血病。

研究团队通过 AML 中重要 m6A 调节因子的一致聚类确定了 2 个分子亚型（聚类 1 和 2）。Cluster 2与较高的免疫评分和明显的免疫细胞浸润相关，因此Cluster 2患者的预后比Cluster 1患者差（P<0.05）。此外，筛选代表 AML 中独立预后因素的 2 个 m6A 相关特征，以构建预后风险评分模型。团队发现低风险评分患者的免疫评分高于高风险评分患者（P<0.05）。

总的来说，这项研究阐明了 m6A 甲基化在 AML 时间中的重要作用。且研究团队使用与 TIME 相关的 m6A 相关特征构建了一个预后模型，以预测 AML 患者的存活率。与 TIME 相关的 m6A 相关特征的变化不仅反映了疾病进展，而且可能是提高 AML 免疫治疗疗效的有希望的治疗靶点。

原始出处：

Yuan S, Cong Z, Ji J, Zhu L, Jiang Q, Zhou Y, Shen Q, Damiani D, Xu X, Li B. Analysis of m6A-related signatures associated with the tumor immune microenvironment and predict survival in acute myeloid leukemia. Ann Transl Med. 2022 Aug;10(16):902. doi: 10.21037/atm-22-3858. PMID: 36111007; PMCID: PMC9469131.

作者：将军的九分裤

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